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Publications
Guillaume Santini
Publications (journaux internationaux à comité de lecture)
  1. G. Santini, H. Soldano and J. Pothier, (2012). «Automatic classification of protein structures relying on similarities between alignments». BMC Bioinformatics, accepted, to be published.
    - editor site -
  2. G.P.H. Santini, J.A.H. Cognet, D. Xu, K.K. Singarapu and C. Hervé du Penhoat, (2010). «Nucleic acid folding determined by mesoscale modeling and NMR spectroscopy: solution structure of d(GCGAAAGC)». J. Phys. Chem. B, 113, 6881-93.
    - editor site and PDF -
  3. G.P.H. Santini, C. Pakleza, P. Auffinger, C. Moriou, A. Favre, P. Clivio and J.A.H. Cognet, (2007). «Dinucleotide TpT and its 2'-O-Me analogue possess different backbone conformations and flexibilities but similar stacked geometries». J. Phys. Chem. B, 31, 9400-9409.
    - editor site and PDF -
  4. M. Lamoureux, L. Patard, B. Hernandez, T. Couesnon, G.P.H. Santini, J.A.H Cognet, C. Gouyette and C. Cordier, (2005). «Spectroscopic and sytructural impact of a stem base-pair change in DNA hairpins: GTTC-ACA-GAAC vs. GTAC-ACA.GTAC». Spectrochim. Acta part A, 65, 84-94.
    - editor site and PDF -
  5. G. P. H. Santini, C. Pakleza and J. A. H. Cognet, (2003). «DNA tri- and tetra-Loops and RNA tetra-Loops hairpins fold as Elastic Biopolymer Chains in agreement with PDB». Nucleic Acids Research, 31, 1086-1096.
    - editor site and PDF -
  6. G. Iazzetti, G. Santini, M. Rau, E. Bucci and R.A. Calogero, (1998). «VIRTLAB / A virtual molecular biology laboratory». Bioinformatics, 14, 815-816.
    - editor site and PDF -
Logiciels
  1. Molecula
    G.P.H. Santini, (2010). «Molecula` a Mathematica package for molecular structure visualisation and manipulation».
    - Molecula doc. -
  2. Smol
    C. Pakleza, G.P.H. Santini et J.A.H. Cognet, (Méthodologie et logiciel de modélisation moléculaire des chaines de macromolécules (ADN, ARN, ...) : la méthodologie est appellée BCE (Biopolymer Chain Elasticity) ; Le logiciel est denommé S-mol). «2002».
    - Dépôt en 2002 auprès de la DRITT Université Pierre et Marie Curie - Paris VI - -
  3. VIRTLAB
    G. Iazzetti, G. Santini, M. Rau, E. Bucci and R.A. Calogero, (VIRTLAB / A virtual molecular biology laboratory). «1998».
    - cf. publication -
Congrès internationaux avec comité de lecture
  1. G. Santini, H. Soldano et J. Pothier,(2010). «Use of ternary similarities in graph based clustering for protein structural family classification». ACM-BCB'10, Niagara Falls, New York, USA, 2-4 august 2010
  2. J. A. H. Cognet*, G. P. H. Santini, C. Pakleza,(2006). «BCE, Biopolymer Chain Elasticity : a new modelling methodology taylored for biopolymers». EuroBio Innovating projects presentation BioICT, Palais des Congrès, 2 place de la Porte Maillot, Paris, France, 25 octobre 2006
    - Site officiel -
  3. J. A. H. Cognet*, G. P. H. Santini, C. Pakleza,(2006). «Biopolymer Chain Elasticity with Mathematica: a novel concept to fold DNA and RNA hairpin into 3-D hairpin structures». IMS06, (International Mathematica Symposium), Centre des Congrès du Palais des Papes, Avignon, France, 19-23 juin 2006
    - Site officiel -
  4. G. P. H. Santini, L. Patard, C. Pakleza, B. Hernández, C. Cordier, G. Dodin and J. A. H. Cognet,(2003). «NMR studies of DNA hairpin and Biopolymer Chain Elasticity (BCE) a new approach used to model DNA hairpin loop structure from NMR data». Summer School on Biomolecular Structure and dynamics Advances in NMR and Computational methods, Otocec, Slovenia, June 22-29, 2003
Congrès nationaux avec comité de lecture
  1. G. Santini, J. Pothier et H. Soldano,(2010). «Use of ternary similarities in graph based clustering for protein structural family classification». CAP 2010, Clermont-Ferrand, France, 17-19 mai 2010
    - poster, to appear, E. Mephu et V. Barra (Ed) -
  2. G.P.H. Santini, C. Pakleza, J.A.H. Cognet,(2009). «Biopolymer Chain Elasticity with Mathematica : a novel concept to fold DNA or RNA into 3-D hairpin structures». LMCS'09, Pôle universitaire Léonard de Vinci, La Défense, France, 3 décembre 2009
  3. G.P.H. Santini, J.A.H. Cognet*, D. Xu, K. K. Singarapu, C. Hervé du Penhoat,(2009). «Modélisation mésoscopique et Dynamique Moléculaire d'ADN en épingles à cheveux». Journées Simulation Numérique 2009, Université P. et M. Curie Paris 6, Site Boucicaut, Paris, France, 11-12 juin 2009
  4. G. Santini, M. Carpentier et Joël Pothier,(2008). «Classification of protein structures based on line-graph reduction». JOBIM 2008, Lille, France, 30 juin - 2 juillet 2008
    - Site officiel -
  5. G. P. H. Santini, C. Pakleza et J. A. H. Cognet,(2007). «Biopolymer Chaine Elasticity, BCE : a novel geometrical and mathematical approach to fold DNA or RNA into 3-D hairpin». JOBIM 2007, Campus de Luminy, Marseille, France, 10-12 juillet 2007
    - Site officiel -
  6. G. P. H. Santini, C. Pakleza et J. A. H. Cognet,(2006). «Biopolymer Chain Elasticity, BCE, une nouvelle approche de modélisation de l'ARN et de l'ADN». SIFRARN, Structure, Intégration, Fonction et Réactivité des ARN, Campus universitaire de Beaulieu, Rennes, France, 3-6 juillet 2006
    - Site officiel -
  7. C. Pakleza*, G. P. H. Santini et J. A. H. Cognet,(2003). «Biopolymer Chain Elasticity (BCE) = Une nouvelle approche de modélisation des chaînes de biopolymères : Fondements et Application aux boucles -TTT- d'ADN à partir de données dérivées de la RMN». XIIIième Journées du Groupe Graphique Moléculaire, Réunion de Cabourg, France, 5-7 mai 2003
    - Site officiel -
  8. G. P. H. Santini, C. Pakleza et J. A. H. Cognet,(2003). «Biopolymer Chain Elasticity (BCE) = Une nouvelle approche de modélisation des chaînes de biopolymères : Application aux tri- et tétra-boucles d'ADN et aux tétra-boucles d'ARN à partir de données de la PDB (Protein Data Bank)». XIIIième Journées du Groupe Graphique Moléculaire, Réunion de Cabourg, France, 5-7 mai 2003
    - Site officiel -
  9. G. P. H. Santini, L. Patard, C. Pakleza, B. Hernández, C. Cordier, G. Dodin et J. A. H. Cognet,(2003). «Détermination par RMN et Modélisation Moléculaire de la structure tridimensionnelle d'un Oligonucléotide en épingle à Cheveux à l'aide de l'approche BCE (Biopolymer Chain Elasticity)». XIIIième Journées du Groupe Graphique Moléculaire, Réunion de Cabourg, France, 5-7 mai 2003
    - Site officiel -
  10. G. P. H. Santini, L. Patard, C. Pakleza, B. Hernández, C. Cordier, G. Dodin and J. A. H. Cognet,(2002). «NMR studies of DNA hairpin and Biopolymer Chain Elasticity (BCE) a new approach used to model DNA hairpin loop structure from NMR data». Symposium Sigma-Aldrich des Jeunes Chimistes, Obernai, France, 21-23 octobre 2002
  11. L. Patard, C.Cordier, G. Dodin, G.P.H. Santini and J. A. H. Cognet,(2002). «NMR Studies of a DNA Hairpin». Société Française de Chimie - Eurochem, Toulouse, France, 8-11 Juillet 2002
Communications Orales / Posters
  1. J. A. H. Cognet, G. P. H. Santini, C. Pakleza,(2007). «Biopolymer Chain Elasticity, BCE : une nouvelle approche de modélisation de l'ARN et de l'ADN». Laboratoire de Biochimie Théorique, IBPC, Paris, France, 10 mai 2007
    - Séminaire Invité -
  2. J. A. H. Cognet, G. P. H. Santini, C. Pakleza,(2007). «Biopolymer Chain Elasticity, BCE : une nouvelle approche de modélisation de l'ARN et de l'ADN». Université Paris 6, Institut de Minéralogie et de Physique de la Matière Condensée, IMPMC, Paris, France, 12 mars 2007
    - Séminaire Invité -
  3. G. P. H. Santini,(2007). «Modélisation et Prédiction de la Structure des Biopolymères et Biologie Quantitative avec Mathematica». Séminaire Mathematica France 2007, ENSAM Bordeaux-Talence, 30 mars 2007
    - Séminaire Invité -
  4. J. A. H. Cognet, G. P. H. Santini et C. Pakleza,(2006). «Modélisation des acides nucléiques double ou simple brin : courbure et flexibilité, ou élasticité». Laboratoire Structure-Activité des Biomolécules Normales et Pathologiques, INSERM U829, Université du Val d'Essonne, Evry, France, 7 décembre 2006
    - Séminaire Invité -
  5. J. A. H. Cognet, G. P. H. Santini et C. Pakleza,(2006). «Modélisation des acides nucléiques différentes échelles». Laboratoire de modélisation des systèmes complexes, Evry, France, 16 mars 2006
    - Séminaire Invité -
  6. G. P. H. Santini, C. Pakleza et J. A. H. Cognet,(2005). «Vers la prédiction de structures 3D en épingles � cheveux d'acides nucléiques présentant des mésappariements dans la boucle». Atelier de BioInformatique (ABI), Université Pierre et Marie Curie, Paris, France, 13 juillet 2005
    - Séminaire Invité -
  7. C. Pakleza, G. P. H. Santini, J. A. H. Cognet,(2005). «Loop modelling with BCE new methodology. Do molecule chains behave as elastic rod ?». Institute of Biochemistry and Biophysics and Institute of Physics, Varsovie, Pologne, 4 Avril 2005
  8. G. P. H. Santini, C. Pakleza et J. A. H. Cognet,(2004). «S-Mol logiciel de modélisation des biopolymeres fondé sur la théorie de l'élasticité des barres minces (approche BCE) développé avec Mathematica». Rencontres Mathematica à l'Institut Henri Poincaré, IHP Paris, France, 30-31 janvier 2004
    - Séminaire Invité -
  9. C. Pakleza, G. P. H. Santini, J. A. H. Cognet,(2003). «Elasticity of thin rods applied to the prediction of short DNA/RNA loops structure». Institute of Fundamentale Technological Research, Varsovie, Pologne, Décembre 2003
  10. G. P. H. Santini, L. Patard, C. Pakleza, B. Hernandez, C. Cordier, G. Dodin et J. A. H. Cognet,(2003). «Détermination par RMN et Modélisation Moléculaire de la structure tridimensionnelle d'un oligonucléotide en épingle à Cheveux à l'aide de l'approche BCE (Biopolymer Chain Elasticity)». Les Onzièmes Journées des Sciences de la Vie, Université Pierre et Marie Curie, Paris, France, 16-17 janvier 2003